We wczesnym średniowieczu gród pruski, zdobyty w 1236 przez Krzyżaków. Zamek zbudowany został w latach 1326–1335. Od 1330 siedziba krzyżackiego wójta. W 1377 miasto odwiedził książę austriacki Albrecht, który pozostawił zakonowi herb, którym posługiwał się wójt sztumski, oraz fundusze na budowę wieży. W 1410 podczas wielkiej wojny Polski z Zakonem Krzyżackim zamek i miasto na krótko trafiło w ręce wojsk polskich, dowodzonych przez Jędrzeja z Brochocic. Prawa miejskie Sztum otrzymał w 1416, nadane przez wielkiego mistrza Michaela Küchmeistera von Sternberg, a potwierdzone przez polskiego króla Zygmunt II August w 1553. Miasto otoczono murami z dwoma bramami na osi północ-południe na szlaku Malbork–Kwidzyn. Wytyczono 50 działek osadniczych. Władza spoczywała w rękach rady, na której czele stał wójt. Dwa razy w roku (22 VI i 11 XI) odbywał się w Sztumie jarmark, a w każdy piątek targ.
Podczas wojny 13-letniej miasto i zamek na krótko trafiły w ręce Polaków – od 8 sierpnia do 21 września 1454.
Na podstawie pokoju toruńskiego z 1466 Sztum został włączony do Korony Polskiej. W latach 1468–1772 miasto powiatowe w województwie malborskim oraz miejsce sejmików tegoż województwa. Polska nazwa Sztum występuje po raz pierwszy w źródłach z 1565.
Od XVI w. w sztumskim kościele (wybudowanym po wojnie trzynastoletniej) odbywały się często wojewódzkie sejmiki ziemskie, a w ratuszu szlacheckie sądy ziemskie dla województwa malborskiego. Mieszczanie zajmowali się przeważnie uprawą roli i warzeniem piwa. Podczas V wojny polsko-szwedzkiej tzw. o „Ujście Wisły” miasto było okupowane przez wojska szwedzkie. Po przegranej bitwie pod Trzcianą Gustaw II Adolf schronił się na sztumskim zamku. Na mocyrozejmy w Starym Targu miasto wraz z zamkiem znalazły się w rękach elektora brandenburskiego, od 6 września 1629 aż rozejmy w Sztumskiej Wsi 12 września 1635. Ponownie pod okupacją szwedzką miasto było w czasie „Potopu Szwedzkiego” (1655–1660).
Po I rozbiorze Sztum znalazł się na terytorium Królestwa Prus, od 1870 w granicach Cesarstwa Niemiec. Rozwój miasta nastąpił na przełomie XIX/XX w. dzięki uruchomieniu linii kolejowej z Malborka do Torunia w 1883. W plebiscycie w 1920 ludność opowiedziała się za pozostaniem w państwie niemieckim, jednak Sztum stanowił główny ośrodek mniejszości polskiej na ówczesnym niemieckim Powiślu dzięki ziemiańskim rodzinom Sierakowskich i Donimirskich.
Sztum przyłączony został ponownie do Polski w 1945 jako siedziba powiatu w województwie gdańskim do 1975. Po reformie administracyjnej kraju i likwidacji powiatów wszedł w skład województwa elbląskiego. W 1998 w mieście wybuchły protesty mieszkańców w związku z nieumieszczeniem Sztumu na powiatowej mapie Polski, co przyczyniło się do tego, że decyzją z 2001 Sztum ponownie jest miastem powiatowym (od 1 stycznia 2002).
Od 2009, dzięki dotacjom z Unii Europejskiej, w Sztumie odbywa się szeroko zakrojona rewitalizacja miasta.
Sztum 